Ένα νέο διαγνωστικό τεστ ανιχνεύει συγκεκριμένες παραλλαγές του Covid-19 σχεδόν μια εβδομάδα ταχύτερα από τις παραδοσιακές μεθόδους αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος – την τρέχουσα μέθοδο ανίχνευσης παραλλαγών του ιού SARS-CoV-2.
Σύμφωνα με τους επιστήμονες από το Πανεπιστήμιο της Ανατολικής Αγγλίας και την Υπηρεσία Ασφάλειας Υγείας του Ηνωμένου Βασιλείου, ο γονοτυπικός προσδιορισμός επέτρεψε την ταχύτερη ανίχνευση και κοινοποίηση σημαντικών πληροφοριών σχετικά με τις παραλλαγές του Covid-19 κατά τη διάρκεια της κορύφωσης της πανδημίας. Οι συγγραφείς της μελέτης πιστεύουν ότι ο γονοτυπικός προσδιορισμός βοήθησε σημαντικά στην εφαρμογή των τοπικών μέτρων ελέγχου, όπως ο εντοπισμός επαφών.
«Όταν ξέσπασε η πανδημία του Covid-19, η παραλλαγή με την οποία είχαν μολυνθεί οι άνθρωποι προσδιορίστηκε αρχικά χρησιμοποιώντας μια εξαιρετικά ακριβή τεχνική γνωστή ως αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος. Πρόκειται για το χρυσό πρότυπο για τη διάγνωση, τον εντοπισμό και τον γενετικό χαρακτηρισμό των παραλλαγών. Όμως, όταν πρέπει να εξεταστεί γρήγορα ένας μεγάλος αριθμός ανθρώπων, τότε το κόστος, η χωρητικότητα και η επικαιρότητα περιορίζουν τη χρησιμότητά του», αναφέρει ο επικεφαλής ερευνητής καθηγητής Ίαν Λέικ, από τη Σχολή Περιβαλλοντικών Επιστημών του βρετανικού πανεπιστημίου.
«Μέχρι τις αρχές του 2021, η βρετανική κυβέρνηση δοκίμαζε μια νέα τεχνολογία για την ταχεία ανίχνευση νέων παραλλαγών στα εργαστήρια NHS Test and Trace. Η τεχνολογία – γνωστή ως «δοκιμή γονότυπου» ή γονότυπος – επιτρέπει στους επιστήμονες να διερευνήσουν γενετικές παραλλαγές», εξηγεί ο Λέικ.
«Θέλαμε να μάθουμε πώς αυτή η τεχνολογία συγκρίνεται με την παραδοσιακή αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος», προσθέτει ο Νιλ Μπρέι, από την Υπηρεσία Ασφάλειας Υγείας του Ηνωμένου Βασιλείου (UKHSA).
Ενώ η αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος συνεπάγεται τη χαρτογράφηση ολόκληρου του μοναδικού μοτίβου DNA ενός ιού, η δοκιμή γονότυπου επικεντρώνεται στη σύγκριση αλληλουχιών DNA προκειμένου να εντοπιστούν διαφορές στα γενετικά μοτίβα.
Για να καταλήξει σε αυτά τα συμπεράσματα, η ερευνητική ομάδα μελέτησε δεδομένα που περιλάμβαναν πάνω από 115.000 περιπτώσεις για τις οποίες υπήρχαν διαθέσιμα δεδομένα παραλλαγών του Covid-19 και από τις δύο μεθόδους (προσδιορισμός γονοτύπου και αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος). Κατά τη σύγκριση των αποτελεσμάτων των παραλλαγών που προέκυψαν από τον γονοτυπικό προσδιορισμό με τα αποτελέσματα που συγκεντρώθηκαν από την αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος, οι ερευνητές απέδειξαν με επιτυχία ότι τα αποτελέσματα του γονοτυπικού προσδιορισμού ήταν ιδιαίτερα ακριβή.
«Διαπιστώσαμε ότι ο γονοτυπικός προσδιορισμός ήταν σε θέση να ανιχνεύσει γνωστές παραλλαγές του Covid-19 πιο γρήγορα και με λιγότερο κόστος από την αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος. Παρήγαγε αποτελέσματα έξι ημέρες ταχύτερα από τη μέθοδο αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος. Τα αποτελέσματα ήταν έτοιμα μέσα σε τρεις ημέρες σε σχέση με τις εννέα ημέρες που απαιτούνται για την αλληλούχιση του γονιδιώματος», εξηγεί ο καθηγητής.
Χάρη στον γονοτυπικό προσδιορισμό, τα δείγματα που εξετάστηκαν για παραλλαγές ήταν κατά εννέα φορές περισσότερα. Αυτό σήμαινε ότι οι παραλλαγές εντοπίστηκαν σε πολύ περισσότερους ανθρώπους. Επομένως, τα τοπικά μέτρα ελέγχου, όπως ο εντοπισμός επαφών, μπορούσαν να γίνουν ταχύτερα, σύμφωνα με τους ερευνητές.
«Η μέθοδος μπορεί να εφαρμοστεί για την εύρεση παραλλαγών σε ένα ευρύ φάσμα οργανισμών σε ανθρώπους και ζώα – έτσι έχει τεράστιες δυνατότητες για την καθοδήγηση της λήψης αποφάσεων για τη δημόσια υγεία και τον έλεγχο των ασθενειών σε παγκόσμιο επίπεδο στο μέλλον», εξηγεί ο Λέικ.
Η μελέτη δημοσιεύθηκε στην επιστημονική επιθεώρηση «The Lancet Microbe».
